Prokurator Trybunału wszczynał śledztwo z urzędu (ex officio) lub też na podstawie informacji otrzymanych z jakichkolwiek źródeł, a w szczególności od rządów, organizacji międzynarodowych oraz organizacji pozarządowych;
Postępowanie sądowe zawierało elementy dwóch systemów prawnych, tj. civil law i common law.
Zgodnie z powszechnie uznawanymi zasadami sprawiedliwego procesu sądowego (fair trial), oskarżeni przed Trybunałem w Hadze mieli zagwarantowane następujące prawa:
- równość stron wobec Trybunału;
- prawo do procesu bez nieuzasadnionej zwłoki;
- domniemanie niewinności;
- prawo do informacji o przedstawionych zarzutach;
- prawo do korzystania z usług tłumacza w przypadku nieznajomości oficjalnych języków MTKJ;
- prawo apelacji;
- prawo do przesłuchania świadków strony przeciwnej;
- prawo do odmowy zeznań przeciwko sobie;
Maksymalny wyrok, jaki mógł wydać Trybunał, to kara dożywotniego pozbawienia wolności.
Skazani przez Trybunał przebywali w zakładach karnych w jednym z krajów, które podpisały z ONZ odpowiednie porozumienie. Są to następujące państwa: Albania, Austria, Belgia, Dania, Estonia, Finlandia, Francja, Hiszpania, Norwegia, Polska, Portugalia, Słowacja, Szwecja, Ukraina, Wielka Brytania, Włochy.