MTKJ oraz sądy krajowe w byłej Jugosławii były w stosunku do siebie w pozycji równorzędnej (posiadały zbieżną jurysdykcję) jeśli chodzi o rozpatrywanie przypadków naruszeń międzynarodowego prawa humanitarnego w byłej Jugosławii. Jednakże Trybunał w Hadze posiadał kompetencje, które pozwalały mu przejąć dane śledztwo lub sprawę będącą w toku od sądów krajowych, jeżeli uznał, że interes sprawiedliwości międzynarodowej był zagrożony.
Zgodnie z zasadą ne bis in idem, nikt nie powinien być sądzony przez sądy krajowe za akty stanowiące ciężkie naruszenia międzynarodowego prawa humanitarnego, za które był sądzony przez MTKJ.
Osoba, która była sądzona przez sądy krajowe za poważne naruszenia międzynarodowego prawa humanitarnego mogła być następnie sądzona przez MTKJ w przypadku, gdy:
- czyn, za który dana osoba była sądzona, był zbrodnią pospolitą, a nie zbrodnią międzynarodową;
- postępowanie przed sądem krajowym nie było bezstronne i niezależne, toczyło się w celu uchronienia oskarżonego od międzynarodowej odpowiedzialności karnej (tzw. sham trial) lub też sprawa była niestarannie przeprowadzona;
Orzeczenia sądów krajowych nie były dla MTKJ wiążące. Przy ustalaniu kary dla oskarżonego, Trybunał brał pod uwagę wysokość kary wymierzonej przez sądy krajowe wobec tej samej osoby, za te same działania.